实验过程 2.1 体系准备 2.1.1 丢失残基、丢失原子与杂原子检查 本次实验采用MODELLER建模结果，在实验数据上无丢失残基、丢失原子与杂原子。 2.1.2 结构质量 通过上一次实验，经过MOLPROBILITY、SAVES的检测，选定多模板建模的MODEL1作为本次实验材料，命名为protein.pdb。 2.2 结构文件转换与拓扑文件生成 分子是由原子的坐标以及键与...
Representative/Non-redundant Data Set
Selection of representative protein data set Hobohm U., Scharf M., Schneider R., Sander C. Selection of representative protein data sets. Protein Sci. 1992;1:409–417. doi: 10.1002/pro.556001031...
Quantum Physics
Explanation for Quantum Physics 哥本哈根解释 多世界诠释 导航波诠释 自发塌缩理论 量子退相干 量子贝叶斯理论 Copenhagen interpretation 根据哥本哈根诠释，在量子力学里，量子系统的量子态，可以用波函数来描述，这是量子力学的一个关键特色，波函数是个数学函数，专门用来计算粒子在某位置或处于某种运动状...
Structured Query Language (SQL)
Introduction 一种介于关系代数与关系演算之间的语言 四大功能于一体 定义 DDL 查询 DML 操纵 DML 控制 DCL 关系数据库的标准语言 SQL支持的三级逻辑结构 外模式 模式 存储模式 SQL支持的基本概念 基本表 Basic Table 视图 ...
Predicting Protein 3D Structure
Basic Information Christopher Burge, David Gifford, and Ernest Fraenkel. 7.91J Foundations of Computational and Systems Biology. Spring 2014. Massachusetts Institute of Technology: MIT OpenCour...
Refine Structures
Restating question Before using the potential energy functions to determine the best structure for two candidate structures given the sequence, one has to refine the structures: If one of the ...
Variant Annotation Resources
Tool TransVar Zhou W., Chen T., Chong Z., Rohrdanz M.A., Melott J.M., Wakefield C., Zeng J., Weinstein J.M., Meric-Bernstam F., Mills G.B., et al. TransVar: A multilevel variant annotator for ...
Molecular Force Field
Basic Information Physicist’s view of Potential Energy of a Protein Describe physical forces Equations may be approximate, but represent identifiable forces Bond Stretching 谐振子函数 $E_...
Functional Dependency
Definition 关系模式简化三元组$R<U,F>$ 关系(Set of Tuple): $R$ 属性集(Set of Property): $U$ 函数依赖: $F$ (Set of Property): $X, Y \subseteq U$ X is a Set Y...
Proteomics Informatics (Test 1)
Requirement 从蛋白质组学实验中鉴定了与疾病相关的蛋白，如何利用现有的数据库和生物信息学工具对其进行功能注释 至少列出2个数据库和1个工具，并简单列举注释的步骤 Assumptions 假定已知蛋白质学实验得到的蛋白序列已知 且现有数据库中存在对该蛋白的注释 Annotation Define Protein 当鉴定蛋白未知其确切蛋白名称种类等信...